台当局“国防部”表示，对马政府周末包机政策，五二○之后“国防部”当然全力支持，但空军方面对于飞经金门、马祖的航路，有所保留。

　　据台湾《联合报》报道，空军官员说，过去“国安”单位和政府相关部会开过多次会议，空军方面具体建议，直航包机不要使用台湾海峡这个空域，可自海峡南北两侧跨越，再弯进台湾，且循既有的国际和岛内航路，不必重开新航路，不但利于航管人员有足够的辨证时间和空间，也保持台湾领空安全和维持空军在台海上空飞行训练的空域。

　　据报道，官员说，台军方担心直航发生“大民航机带小战机”伪冒、跟随等“木马屠城”情况，当年以色列攻击利比亚核电厂就是利用波音七四七客机掩护四架F16战机。

　　台军方担心，国民党方面规划时欠缺军事专业参与，不知道军事上许多险处，没有想那么多。

　　据了解，过去重大节日实施两岸包机，“国防部”都有防卫准备，包括将复仇者车载刺针飞弹防空系统，拉到邻近桃园机场的林口台地。空军曾以实战操演，针对直航包机，进行长距离“视距外BVR”中程空对空导弹的接战程序，包括雷达追瞄和模拟发射。

　　台空军作法还有，台湾本岛机场将部署装甲车机械化兵力，在遭遇突袭时能快速反应；在空巡弋战机，就近以目视确认辨证航线上是否真是大陆民航机。

　　台军事发言人池玉兰指出，未来会随包机进度和范围，调整机场周边紧急应变的地面部队部署，降低对“国防”安全的冲击。