日本《东京新闻》6月17日发表社论指出，日本乐见两岸的紧张关系趋于缓和，但眼见中华民族主义的共鸣，导致反日姿态高涨，对日本而言，将是“一大恶梦”。社论称，台湾“联合号”渔船与日舰相撞的事件发生后，台湾保钓的强硬态势不断，因台湾曾受过日本殖民统治，一贯亲日，因此出现反日的舆论，令日本尤其感到震撼。

　　据台湾中央社18日报道，17日，日本右翼分子到位于东京的台湾驻日经济代表处表达抗议并递送抗议文。抗议人士还举着日俄战争时，日本军舰所高挂的旗子“Z旗”表示不惜一战的决心。他们踹驻日代表处大铁门，高喊“台湾官员滚回台湾”。

　　日本《朝日新闻》18日发表题为“需要冷静和细心”的社论，呼吁日本和台湾共同努力因应由于台湾海钓船沉没事件所造成的双边紧张关系，不致成为危机。

　　社论指出，台湾方面的激烈反应令日方惊讶，台湾方面应恢复冷静。社论称，台湾对日本感情并不坏，但日本若有赖于此则是错误，更何况像领土这种问题很容易令情绪高涨，今后也可能再发生类似的问题，双方有必要共同努力使得事件不至于成为危机。